Tο Συμβούλιο της Επικρατείας ακύρωσε τις αλλαγές Φίλη στο μάθημα των Θρησκευτικών. Σε μέρος της απόφασής του που διέρρευσε αναφέρεται ότι ο τρόπος διδασκαλίας είναι αντισυνταγματικός και κλονίζει την θρησκευτική χριστιανική συνείδηση. Έντονη ήταν η αντίδραση του Υπουργείου Παιδείας.
Ο υπουργός Παιδείας Κώστας Γαβρόγλου, μιλώντας στο Πρώτο Πρόγραμμα τόνισε ότι «δεν μας δεσμεύει η απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας, που ακύρωσε τις αλλαγές Φίλη στο μάθημα των Θρησκευτικών».
“Δεν θα υποκύψουμε στο κύμα σκοταδισμού. Η απόφαση του Ανώτατου Ακυρωτικού Δικαστηρίου, δεν έχει καμιά πρακτική επίπτωση και δεν αλλάζει ο πυρήνας της διδασκαλίας”, τόνισε ο υπουργός. Κάλεσε μάλιστα το ΣτΕ να προστατεύσει τον εαυτό του. O πρώην υπουργός Νίκος Φίλης χαρακτήρισε μιλώντας στην ΕΡΤ την απόφαση του ΣτΕ ως μεσαιωνικού τύπου απόφαση. Σε άλλη συνέντευξή του έκανε λόγο επιπλέον για λανθασμένη ερμηνεία του Συντάγματος, ενώ τόνισε ότι ένα τμήμα του ΣτΕ συμπεριφέρεται σαν εφεδρεία του παλαιού συστήματος.
Για την υπόθεση με την αθώωση του μητροπολίτη Αιγιαλείας Αμβρόσιου ανέφερε: «Θα δείτε ότι ο Υπουργός Δικαιοσύνης ζήτησε τα πρακτικά της δίκης του κυρίου Αμβρόσιου. Αυτό, όπως καταλαβαίνετε, για να το κάνει ο Υπουργός Δικαιοσύνης σημαίνει ότι είχε ένα πάρα πολύ βάσιμο προβληματισμό ότι αυτού του τύπου οι αποφάσεις θέλουν έναν πρόσθετο έλεγχο.
Πολλές φορές η Εκκλησία δια της σιωπής αποδέχεται πράγματα και πολλές φορές δια της σιωπής διαμαρτύρεται για πράγματα. Είναι ένας τρόπος της Εκκλησίας αυτός. Και νομίζω ότι πάντα πρέπει κανείς να βλέπει τις σιωπές της Εκκλησίας μέσα σ’ ένα γενικότερο πλαίσιο. Και το γενικότερο πλαίσιο είναι ότι ο όποιος κύριος Αμβρόσιος είναι μία τραγική μειοψηφία στο χώρο της Εκκλησίας».